El IESTP Tsamajain cuenta con una estructura organizacional que garantiza el cumplimiento de sus objetivos académicos y administrativos:
- Dirección General: Máxima autoridad del instituto, responsable de la conducción estratégica y administrativa.
- Subdirección Académica: Responsable de la gestión académica, planes de estudio y evaluación.
- Subdirección Administrativa: Gestiona los recursos humanos, financieros y logísticos del instituto.
- Coordinaciones de Programas: Cada programa de estudios cuenta con un coordinador que supervisa su desarrollo.
- Áreas de Apoyo: Biblioteca, Bienestar Estudiantil, Investigación y Extensión.